Dans la rebrique download du site, Hacking, tu trouveras le logiciel "SuperScann" (attention, apres le telechargement tu dois enlever le _ de la fin pour l'executer).
Il te permet de scanner, non pas un site, mais une machine (au niveau des ports ouvert).
Un autre outil, Intellitamper, qui scann tous les liens de ton site, et essaye de te forger l'arborescance de ton site via tous les lien qu'il trouve dans les pages.
Il me semble aussi (sans certitude), qu'il scann les repertoires courant genre /etc, /content, /private, /admin ...etc
Enfin, pour tester ton site le mieux est de le passer à la moulinette facon "Nessus", logiciel qui recense pas mal de failles, et qui tente de les exploiter sur ton site web pour verifier leur presence.
Voilou

Mais le meilleur outil qui existe, ce nomme Roman0-V2.0, il est disponible sur le chat IRC, est provoque quelques ravages...
Il y'en a d'autres sur le chat, pas souvent dispos, mais redoutable
