Un programme qui va s'exécuter sur un system (unix/windows ou autre) ne s'executera jamais sur un autre system, car il va avoir été compiler pour être utilisé spécifiquement sur celui-ci. Windows ne gère pas l'environnement (accès disque, gestion des peripherique, de la mémoire) comme peu le faire un system unix et inversement, voilà pourquoi un programme compilé pour windows ne s'exécutera jamais sous linux.
Pour exécuter un programme sur l'un ou l'autre system il faut un langage qui ne nécessite pas de compilation donc un langage interprété, (comme perl par exemple, ou plus simple le java..)
en espérant avoir répondu à ta question
