Je ne vois pas vraiment comment tu peux faire ça avec des commandes DOS.
Enfin si c'est pour supprimer les fichiers temporaires, tu peux créer une nouvelle entrée dans la base de registre de chaque pc qui pointe vers ton fichier bat.
(ici :HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run par exemple)
Ce script s'exécutera au démarrage de tes machines.
C'est une idée comme une autre, pour ma part je ne vois pas comment faire avec des commandes DOS pour ton problème.