renseigne toi sur les "hooks" clavier et sur la bibliothèque windows.h, c'est comme ça que j'ai fais avec mon keylogger (
https://msdn.microsoft.com/en-us/library/windows/desktop/ms632589%28v=vs.85%29.aspx), pour ce qui est du lancement au démarrage, au pire tu peux le mettre dans le dossier démarrage du pc (sur Windows)